1972-ben egy Misaki nevű tanuló járt az Északi Yomiyama Általános Iskola kilencedik évfolyamának hármas osztályába. A fiú nagy népszerűségnek örvendett az osztályában, egyaránt szerették a diákok és a tanárok is. Szinte mintatanulónak számított, aki még a sportokban is kiválóan teljesített. De nem sokkal azután, hogy elkezdte a kilencediket, meghalt. A tragédia híre mindenkit sokkolt. Viszont egyszer csak valaki azt mondta a fiú székére mutatva, hogy Misaki itt van, nem halt meg. Attól a naptól fogva a hármas osztály úgy viselkedett, mintha elhunyt osztálytársuk még mindig élne. Ezt a színjátékot egészen ballagásig folytatták. Az igazgató még azt is elrendezte, hogy Misakinak is legyen széke a ballagási ceremónián. Ám ezzel a szerencsétlenséggel nem is gondolták, mi vette kezdetét...
26 évvel később, 1998-ban egy Kouichi Sakakibara nevű srác szintén a hármas osztály tanulója lesz. Családi okok miatt érkezett Tokióból Yomiyamába, ahol most nagyszüleivel és nagynénjével él együtt. Édesanyja fia születésekor halt meg, édesapja pedig jelenleg Indiában dolgozik. Kouichi tüdőbaja miatt nem tud máris iskolába menni, így a helyi kórházban gyengélkedik. Az osztály nevében páran meglátogatják a fiút, akit a viselkedésük gyanakvással tölt el. Ezt az érzést csak növeli, hogy még aznap találkozik a kórházban egy Misaki Mei nevű, rejtélyes lánnyal, aki egy szemkötőt visel a bal szemén. Pár nappal később, mikor iskolába megy, kiderül, hogy Mei az osztálytársa. A többiek nagyon kedvesen fogadják, de mégis szembetűnik neki az osztály furcsa viselkedése. Sakakibarában több kérdés is felmerül, amelyekre előbb-utóbb választ kap.